农业污染源普查内容重点包括种植业源、畜禽养殖业污染源、水产养殖业污染源、地膜、秸秆等五个方面，同时提供与污染核算相关的农业机械和渔船数据，并积极配合环保部门开展种植业及畜禽养殖业废气污染物排放核算和典型流域农业源入水体负荷研究等工作。其中：

        1.种植业源。开展种植业生产情况和农药、肥料使用情况调查；开展总氮、总磷、氨态氮等涉水污染物流失量监测。

        2.畜禽养殖业源。开展畜禽种类、养殖情况、粪污产生和处理情况调查；以养殖场和养殖户为单元，开展粪便污水产生量、化学需氧量、总氮、总磷、氨氮等涉水污染物产生量和排放量监测。

        3.水产养殖业源。开展养殖方式、养殖模式、养殖产量、养殖面积，以及饵料、肥料、渔药等投入品使用情况调查；以水产养殖场和养殖户为单元，开展养殖换水量及化学需氧量、总氮、总磷、氨氮等涉水污染物产生量和排放量监测。

        4.地膜。开展不同农业区域、不同作物的地膜使用量、覆盖周期、覆膜种植比率、田间覆盖率、覆盖作物类型及方式等基本信息调查；以典型地块为单元，开展农田地膜当季残留量、累积残留量监测。

        5.秸秆。开展不同作物种类、不同区域的产生量、可收集量，以及秸秆肥料化、能源化、饲料化、基料化和原料化利用量调查；以典型地块为单元，开展秸秆草谷比、秸秆可收集量监测。